كانت في البداية " كلية غردون" التي أنشئت في نوفمبر (تشرين الثاني) 1902، ثم توسعت وشملت "مدرسة الطب" و"مدرسة القانون"، و"مدرسة الزراعة" و"مدرسة الطب البيطري"، و"مدرسة العلوم والهندسة"، وجمعت هذه المدراس في هيئة سميت بـ"كلية الخرطوم الجامعية"، وضمت إليها عدد من المعاهد، وكانت لـ"لكلية الجامعية" علاقة خاصة بـ"جامعة لندن"، التي كانت تمنح الدرجات العلمية لخريجي هذه الكلية، وتساهم في وضع المناهج الدراسية والامتحانات، وظل الحال على ذلك إلى أن تم استقلال هذه الكلية عن "جامعة لندن" وذلك باستقلال السودان في 1956، ثم أرسيت القواعد والنظم التشريعية آنذاك لتحويل هذه "الكلية الجامعية" لتصبح "جامعة الخرطوم".

وتهدف الجامعة إلى: توفير بيئة تعليمية وبحثية تجابه التحديات، ورفع مستوى المحتوى والممارسة مع المحافظة على القيم والثقافة، ومواكبة التطور الذي يحدث بكل مجالات المعرفة، واستخدام تقنيات الإتصال والمعلومات لتحسين الأداء الجامعي تعليماً وبحثاً، وبناء القدرات وصقل المهارات، ووضع إستراتيجية بحث علمي تحدد الأولويات البحثية وتوظف البحوث لخدمة المصالح القومية مع التركيز على البحث العلمي التطبيقي، وخدمة المجتمع وتلبية حاجاته.